在中华文化中，五行理论是一种重要的哲学思想，也是起名时的重要参考依据。9月28日早晨3点50分出生的男孩姓张，根据五行理论，要确定其五行属性和缺失部分，需要结合其出生年月日时进行综合分析。
五行属性分析
根据传统的八字命理学，我们首先要推算出孩子的八字，即出生的年、月、日、时。在此问题中并未提供详细的出生时间信息，故我们仅能基于一般的理解和常识进行分析。
假设孩子出生在秋季（九月一般对应金行），加上姓氏张的属性（可能包含木行或土行的成分），综合生辰的时辰（早晨为木行活跃之时），初步推断该男孩的五行属性可能以金木为主。但具体还需结合详细的八字进行准确判断。
五行缺失分析
确定五行属性后，还需分析五行中是否有缺失的部分。这同样需要详细的八字信息。一般来说，如果一个人的五行中某一元素偏弱或缺失，那么在命名时可以考虑加入该元素以寻求平衡。但鉴于缺乏具体的八字信息，这里无法给出准确的缺失部分。
如何取名
在了解五行属性和可能缺失的部分后，起名时应遵循以下原则：
1. 音韵和谐：名字的读音应流畅、和谐，避免拗口或谐音不吉的情况。
2. 寓意深远：名字应蕴含美好的寓意，体现家长对孩子的期望和祝福。
3. 结合五行：根据孩子五行的需求，选用寓意与五行相匹配的字，以补足缺失的部分或强化主导的五行属性。
以张姓男孩为例，如若主导属性为金木，且希望补足水行（根据具体八字分析结果而定），则可考虑在名字中加入与水相关的字，如“涛”、“江”、“泽”等。确保名字整体和谐、寓意吉祥。
为9月28日早晨3点50分出生的张姓男孩起名，需结合其具体的八字信息来确定五行属性和缺失部分。在起名时，应遵循音韵和谐、寓意深远的原则，并结合五行理论选用合适的字。如有需要，可咨询专业的命名师进行详细分析和指导。
以上内容基于传统命理学的一般原则给出建议，具体命名还需结合家族传统、个人喜好及孩子的具体情况综合考量。